藏刊網,職稱文章發表、期刊投稿權威機構

投稿咨詢

投稿在線咨詢

專著咨詢

合著&獨著&編委

編輯在線咨詢

專利咨詢

專利申請&轉讓

編輯在線咨詢

軟著版權

軟著版權

編輯在線咨詢

在線溝通

論文&專著&專利

編輯在線咨詢

微信聊

微信掃一掃

首頁 > 醫學論文 > > 高原肺水腫相關9個SNPs多態性位點檢測分析
高原肺水腫相關9個SNPs多態性位點檢測分析
>2023-10-16 09:00:00


目前,高原肺水腫\\( High - altitude pulmonary e-dema,HAPE \\) 發病機制仍然不清楚,學者們提出HAPE 是遺傳和環境因素共同作用的結果,具有遺傳易感性。世界各個研究小組分別對腎素 - 血管緊張素 - 轉換酶系統相關基因、內皮型一氧化氮合酶基因、酪氨酸羥化酶基因、血管內皮生長因子基因、肺泡表面活性蛋白基因、β2- 腎上腺素能受體基因、熱休克蛋白 70 家族基因的眾多多態性位點與HAPE 的易感性進行了相關性研究,但與 HAPE 發病密切相關的基因以及多態性位點報道不一。

前期,課題組利用 Affymetrix SNP Array 6. 0 芯片,對2010 年 5 月至 2012 年 7 月在青海省玉樹地區執行援建任務時來自平原地區的 40 例 HAPE 患者和 33例健康對照者進行全基因組 SNP 分型,通過 PLINK軟件對芯片結果進行全基因組關聯分析\\( genome -wide association study,GWAS\\) ,篩選出在病例組與對照組間有顯著差異的 SNP 位點,功能學分析表明這些位點附近的基因與 HAPE 的發生機制相關。

本研究選取9 個 SNPs 位點,采用改良多重高溫連接酶反應\\( improved multiple ligase detection reaction,iMLDR\\) 方法檢測這些多態性位點,并分析與 HAPE的相關關系。

1、 材料與方法

1. 1 研究對象

采用中華醫學會公布的 HAPE 診斷標準,收集 2010 年 5 月 ~2013 年 7 月在青海省玉樹地區執行援建任務時的 HAPE 患者 135 例,患者均在玉樹州人民醫院進行搶救和恢復治療。HAPE 患者均為無親緣關系的平原漢族居民,平時體健,無心血管及呼吸系統等其他器官疾病,且發病前從未來過高原。

對照組選擇居住區域海拔、年齡、性別、勞動強度等與 HAPE 組相匹配的漢族健康對照者 137 例。采用調查表收集研究對象的一般情況,包括既往史、家族史、生活方式等,入選者知情同意后簽字。分別抽取研究對象靜脈血各 5 mL,EDTA 鈉抗凝,室溫放置15 min,離心\\( 2000r / min\\) 10 min,吸取上層血漿,置液氮保存備用,有核細胞層經紅細胞裂解液處理后,加入 cell lysis buffer\\( Gentra Puregene Blood Kit\\) 室溫保存。該項研究獲得青海大學醫學院倫理委員會審核批準。

1. 2 儀器與材料

DU800 核酸檢測儀、5415D 高速離心機\\( Eppen-dorf 公司\\) ,DYY - 6B 型穩壓穩流電泳儀\\( 北京六一儀器廠\\) ,UVP 凝膠成像系統\\( UVP 公司\\) 。GentraPuregene Blood Kit 血液基因組提取試劑盒\\( Qiagen公司\\) 。其他為國產分析純試劑。

1. 3 候選位點

前期 Affymetrix SNP6. 0 芯片結果提示 HAPE 與轉錄調控和信號轉導、調節免疫和炎癥、參與脂質代謝及維持胞內葡萄糖平衡、鉀通道、鈣轉運、細胞連接等諸多基因相關[4]?;诖?篩選 9 個 SNP 位點\\( 表 1\\) ,進行關聯分析。

1. 4 實驗方法

1. 4. 1 基因組 DNA 提取: 采用 Gentra PuregeneBlood Kit 基因組提取試劑盒,提取樣本外周血白細胞基因組 DNA。DNA 樣本經 1% 瓊脂糖凝膠電泳對其進行完整度檢查,核酸檢測儀測定濃度,并將樣本 DNA 稀釋到工作濃度\\( 5 ~10ng/μL\\) 。

1. 4. 2 基因分型: SNP 位點的檢測使用 iMLDR 法,所需 PCR 擴增引物\\( 表 2\\) 和多重單堿基延伸反應延伸引物\\( 表 3\\) 均由上海天昊生物科技有限公司設計,在上海生工生物科技有限公司合成,按要求稀釋到指定濃度。分型實驗委托上海天昊生物科技有限公司進行。反應體系\\( 10μL\\) 包含 1 × GC - I buffer,3. 0 mM Mg2 +,0. 3 mM dNTP,1 U HotStar Taq poly-merase,1 μL 樣 本 DNA 和 1 μL 多重 PCR 引物。

PCR 循環程序: 95 ℃ 2 min; 11 cycles \\( 94℃ 20s,65℃ - 0. 5℃ / cycle 40s,72℃ 90s\\) ; 24 cycles\\( 94℃20s,59℃ 30s,72℃ 90s\\) ; 72 ℃ 2 min; 4 ℃ 60 min;在 PCR 產物中加入試劑盒中的 ExoI/SAP 酶 1 μL,37 ℃ 溫浴 1 h,然后 75 ℃ 滅活 15 min; 取試劑盒中的 10 × 連接緩沖液 2 μL、高溫連接酶 0. 2 μL、連接引物混合液 1 μL 與純化后多重 PCR 產物 3 μL、ddH2O 3. 8 μL 混勻。連接程序: 38 cycles \\( 94℃1min,56℃ 4min\\) ; 4℃ 60min; 取 0. 5 μL 稀釋后的連接產物,與0. 5 μL Liz500 SIZE STANDARD、9 μL Hi- Di 混勻,95 ℃ 變性 5 min 后上 ABI3130XL 測序儀; 收集的原始數據用 GeneMapper 4. 1\\( AppliedBio-systems,USA\\) 分析并輸出結果。

【表2、3略】

1. 5 統計學處理方法

運用 Hardy - Weinberg 平衡規律檢測樣本代表性,醫學統計軟件 SPSS 17. 0 處理基因型和等位基因頻率結果。計數資料各百分率比較用卡方檢驗,檢驗顯著性水平,P <0. 05。

2、 結果

2. 1 候選 SNPs 分型結果

本實驗采用 iMLDR 多重 SNP 分型試劑盒對272 個樣本的 9 個 SNP 進行分型\\( 圖 1\\) 。

2. 2 候選 SNPs 基因型與等位基因頻率

經統計發現所有 SNP 位點均符合 Hardy -Weinberg 檢驗平衡定律。rs10932688、rs12655827、rs2017869、 rs4572038、 rs4984295、 rs11581271、rs17052028、rs3009568 的基因型和等位基因頻率在HAPE 組和對照組之間差異 均 無統計學意義。

rs4906864 的基因型 TT 在 HAPE 組\\( 14. 8% \\) 和對照組\\( 0. 08%\\) 組間差異有顯著性\\( P < 0. 05\\) ,oddsratio 為 0. 425\\( 0. 187 ~ 0. 966\\) ; 等位基因 T 在 HAPE組\\( 38. 5%\\) 和對照組\\( 29. 9%\\) 組間差異有顯著性\\( P < 0. 05\\) ,odds ratio 為 0. 682\\( 0. 477 ~ 0. 973\\)\\( 表 4\\) 。

【表4略】

3、 討論

我們前期的研究結果提示,HAPE 與轉錄調控和信號轉導、調節免疫和炎癥、參與脂質代謝及維持胞內葡萄糖平衡、鉀通道、鈣轉運、細胞連接等諸多基因相關。本研究針對前期工作篩選出的 9 個 SNP位點 與 HAPE 的相關關系進行研究,僅發現rs4906864 的基因型 TT 和等位基因 T 在組間差異有顯著性。rs4906864 位于編碼 γ - 氨基丁酸 A 受體β3亞基的基因 GABRB3 下游,γ - 氨基丁酸是一種天然存在的非蛋白組成氨基酸,γ - 氨基丁酸 A 受體是一個氯離子通道,能夠通過離子通道的開閉,調節血壓和中樞神經系統功能,可能與 HAPE 病理生理過程相關。對于前期工作篩選出的基因和SNPs 位點與 HAPE 間的相關關系仍需要進一步研究。

綜合排序
投稿量
錄用量
發行量
教育界

主管:廣西壯族自治區新聞出版局

主辦:廣西出版雜志社

國際:ISSN 1674-9510

國內:CN 45-1376/G4

級別:省級期刊

中國報業

主管:中國報業協會

主辦:中國報業協會

國際:ISSN 1671-0029

國內:CN 11-4629/G2

級別:國家級期刊

中國房地產業

主管:中華人民共和國住房部和...

主辦:中國房地產業協會

國際:ISSN 1002-8536

國內:CN 11-5936/F

級別:國家級期刊

建筑與裝飾

主管:天津出版傳媒集團有限公司

主辦:天津科學技術出版社有限...

國際:ISSN 1009-699X

國內:CN 12-1450/TS

級別:省級期刊

財經界

主管:國家發展和改革委員會

主辦:國家信息中心

國際:ISSN 1009-2781

國內:CN 11-4098/F

級別:國家級期刊

文化月刊

主管:中華人民共和國文化部

主辦:中國文化傳媒集團有限公司

國際:ISSN 1004-6631

國內:CN 11-3120/G2

級別:國家級期刊

期刊在線投稿系統
上傳文件
支持上傳.doc、.docx、.pdf文件
18年國內外學術服務,發表國際文獻請認準藏刊網官網

資深編輯團隊

專業設計投入方案

投稿成功率極高

企業信譽保障

對公交易更安全

人民群眾口碑好

高效投稿流程

審稿快!出刊快!檢索快!

正規刊物承諾

無假刊!無套刊!

投稿成功!

藏刊網提醒您

1.稿件將進入人工審稿階段,審稿后會有編輯聯系您,請保持手機暢通。

2.為避免一稿多投、重刊等現象影響您的發表,請勿再投他刊。

確定

投稿失??!

藏刊網提醒您

由于網絡問題,提交數據出現錯誤,請返回免費投稿頁面重新投稿,謝謝!

確定

藏刊網收錄400余種期刊,15年誠信發表服務。

發表職稱文章,覆蓋教育期刊、醫學期刊、經濟期刊、管理期刊、文學期刊等主流學術期刊。

  投稿郵箱:cangkan@163.com

本站少量資源屬于網絡共享如有侵權請您聯系我們,將在第一時間刪除。

版權 2009-2022 版權所有:河北藏刊文化發展有限公司 工信部備案:ICP備20016223號 冀公網安備13010502002858號

91精品手机国产在线播放|欧洲亚洲精品免费二区|亚洲av日韩综合一区二区三区|精品综合久久久久久88